Baptiste Imbert

Qui es-tu ?

"Baptiste Imbert"

Quel est le titre de ta thèse réalisée dans le cadre du projet SPECIFICS ? 

"Application de la recherche translationnelle à l’étude des fonctions biologiques associées à la résistance aux stress et l’adaptation aux systèmes de culture agroécologiques chez les protéagineux"

Quelles étaient les dates de ta thèse ?

"D'octobre 2021 à décembre 2024"

Peux-tu me faire un bref résumé de ton travail de thèse avec tes mots ?

"L'accélération de la production scientifique grâce à l'utilisation des technologies de séquençage permet d'accroître les connaissances nécessaires à la compréhension de la biologie des espèces et à l'amélioration variétale. Toutefois, deux difficultés existent. Tout d'abord, il est complexe de mettre en relation ses propres jeux de données hétérogènes lors des analyses, et encore plus de les lier aux informations variées déjà disponibles dans la littérature. Deuxièmement, un déséquilibre marqué existe entre des espèces très décrites dans la littérature et celles qui le sont peu. Dans ce cas, il est pertinent de pouvoir transférer les connaissances vers les espèces moins étudiées en exploitant la conservation des génomes. Ce travail dit de recherche translationnelle reste chronophage et délicat à mettre en place à grande échelle. L'objectif de ma thèse était de construire une base de données sous forme de graphe capable d'intégrer les données hétérogènes fréquemment générées par les technologies de séquençage afin de comparer et transférer les données disponibles sur quelques espèces de légumineuses à graines. J'ai créé la base de données OrthoLegKB, qui intègre notamment les génomes, les gènes, leurs fonctions connues, leur expression dans des conditions définies, ainsi que les associations entre les gènes et les caractères phénotypiques observés sur les plantes. La structure graphe d'OrthoLegKB favorise la recherche translationnelle en traversant les couches de données et en connectant les régions chromosomiques conservées et les gènes orthologues entre espèces (https://doi.org/10.3389/frai.2023.1191122). J'ai exploité OrthoLegKB pour étudier la tolérance au gel chez les légumineuses des régions tempérées. J'ai identifié des régions du génome impliquées dans cette tolérance et conservées entre quatre espèces, incluant les clusters de gènes CBF/DREB1. D'autres gènes prometteurs différentiellement exprimés lors de l'exposition des plantes à de faibles températures ont également été mis en évidence (https://doi.org/10.1101/2024.11.27.624268). OrthoLegKB a par ailleurs été utilisée dans le cadre de la thèse de Théo Leprévost pour l'étude de la résistance à la pourriture racinaire molle (https://doi.org/10.1007/s00122-025-05095-4)."

Quel parcours t'a mené(e) à réaliser cette thèse ?

"J'ai réalisé un master Biologie-Santé parcours Génomique et Biotechnologies (Université de Limoges) suivi d'un master Bioinformatique et Biologie des Systèmes (Université de Toulouse) avant de commencer cette thèse à l'INRAE de Dijon."

Selon toi, comment ta thèse s'inscrit dans le projet SPECIFICS et plus généralement dans l'agriculture de demain ?

La base de données OrthoLegKB était un outil nécéssaire à SPECIFICS pour correctement stocker et interroger des données créées par certains axes du projet et les analyser plus facilement. Ce projet de thèse avait pour but de favoriser l'acquisition rapide de nouvelles connaissances sur les légumineuses à graines, pour qu'elles puissent être cultivées et productives dans les conditions de demain, mais aussi de contribuer à un rééquilibrage des connaissances entre les espèces pour une meilleure diversification au champ comme dans l'alimentation.

Qu'est-ce que tu as le plus apprécié dans ton travail de thèse ?

J'ai particulièrement aimé travailler dans un environnement pluridisciplinaire (informatique, bioinformatique, génétique), qui m'a permis d'élargir mes connaissances scientifiques. La liberté dont j'ai bénéficié lors de cette expérience professionnelle m'a permis d'approfondir des sujets qui me sont chers, comme contribuer à une science plus FAIR, notamment en travaillant sur les conditions nécessaires à la réutilisation de données/informations, par la mise en place de métadonnées riches et standardisées.

Qu'est-ce que tu as le plus apprécié dans le projet SPECIFICS ?

Le projet SPECIFICS a été un environnement propice à des échanges poussés et intéressants, et m'a permis de recevoir de nombreux retours d'utilisateurs sur mon travail. Il m'a également donné l'occasion de découvrir des sujets connexes qui m'étaient inconnus et qui se sont révélés captivants !

Et pour la suite ?

Je suis actuellement en postdoctorat à l'Institut des Sciences des Plantes - Paris-Saclay (IPS2), où j'étudie la diversité des gènes de résistance chez le haricot commun.

Baptiste Imbert à San Diego pour la conférence PAG (Plant& Animal Genome) en Janvier 2024

Les présentations :

• Development of a Comparative Genomics-Driven Knowledge Graph Framework for Translational Research
• Harnessing Ontologies to Improve Translational Research: An Application in the Knowledge Graph Framework Ortho_KB